Saya jawab berdasarkan pengalaman saya ya. Saya dulu dapet beasiswa JASSO buat exchange di Tokyo dan setahu saya perguruan tinggi di Indonesia waktu itu (ITB – pertengahan 2005) mengirimkan 5 nama kandidat ke JASSO untuk satu program exchange. JASSO dan Univ di Jepang yg akan memilih kandidat mana yg akan dapat beasiswa. ITB saat itu ada 3 program exchange ke Jepang (skrg setahu saya sudah lebih), saya rasa dua program yg lain mirip2 prosedurnya.

Selain JASSO, ada teman yg dapat Sato Scholarship. Kamu mungkin bisa coba via jalur ini. Link-nya ada di-bawah.
http://sisf.or.jp/eng/index.php?option=com_content&task=view&id=19&Itemid=36

Mayoritas anak2 exchange angkatan saya dapatnya JASSO Scholarship, cuma 1 yg dapet dari Sato Scholarship.